PL EN


Preferencje help
Widoczny [Schowaj] Abstrakt
Liczba wyników
2017 | 5 | 1 | 1-20
Tytuł artykułu

Fatgraph models of RNA structure

Treść / Zawartość
Warianty tytułu
Języki publikacji
EN
Abstrakty
EN
In this review paper we discuss fatgraphs as a conceptual framework for RNA structures. We discuss various notions of coarse-grained RNA structures and relate them to fatgraphs.We motivate and discuss the main intuition behind the fatgraph model and showcase its applicability to canonical as well as noncanonical base pairs. Recent discoveries regarding novel recursions of pseudoknotted (pk) configurations as well as their translation into context-free grammars for pk-structures are discussed. This is shown to allow for extending the concept of partition functions of sequences w.r.t. a fixed structure having non-crossing arcs to pk-structures. We discuss minimum free energy folding of pk-structures and combine these above results outlining how to obtain an inverse folding algorithm for PK structures.
Słowa kluczowe
Wydawca
Rocznik
Tom
5
Numer
1
Strony
1-20
Opis fizyczny
Daty
wydano
2017-01-01
otrzymano
2016-10-23
zaakceptowano
2016-12-25
online
2017-02-08
Twórcy
autor
  • Biocomplexity Institute of Virginia Tech, 1015 Life Science Circle, VA 24060, Blacksburg,, fenixh@vbi.vt.edu
  • Biocomplexity Institute of Virginia Tech, 1015 Life Science Circle, VA 24060, Blacksburg,, duck@santafe.edu
  • Biocomplexity Institute of Virginia Tech, 1015 Life Science Circle, VA 24060, Blacksburg, U.S.A.,, rezareza@vbi.vt.edu
Bibliografia
Typ dokumentu
Bibliografia
Identyfikatory
Identyfikator YADDA
bwmeta1.element.doi-10_1515_mlbmb-2017-0001
JavaScript jest wyłączony w Twojej przeglądarce internetowej. Włącz go, a następnie odśwież stronę, aby móc w pełni z niej korzystać.